「構成システムを初期化できませんでした」とエラーが出てアプリが起動しなくなった。

Visual Studio 2015で開発中に、「構成システムを初期化できませんでした」とエラーが出て、アプリケーションが実行できなくなった。
しばし悩んだが、エラーの詳細を確認すると、以下の記述があることを発見。

InnerException:
BareMessage=認識されない構成セクション userSettings です。
Filename=C:\Users\[ユーザー名]\AppData\Local\[アプリ名]\[アプリ名].vshost.exe_Url_3d3aml51muxarmeim3nzzgqmoa1if2a3\1.0.0.0\user.config
HResult=-2146232062
Line=3
Message=認識されない構成セクション userSettings です。 (C:\Users\[ユーザー名]\AppData\Local\[アプリ名]\[アプリ名].vshost.exe_Url_3d3aml51muxarmeim3nzzgqmoa1if2a3\1.0.0.0\user.config line 3)
Source=System.Configuration

上記のuser.configファイルに、Visual Studioのプロジェクトのプロパティの設定から、さっき消したはずのユーザー定義の変数が残っていた。今回、user.configにはこの変数しか無かったので、user.configファイルを削除して無事に動作するようになった。それにしてもどうして残っちゃったんだろうね？